Отходами, остающимися после переработки плодов и овощей, являются отдельные экземпляры некондиционного сырья, а также части плодов и овощей, которые удаляют в процессе переработки, в частности при очистке и резке. Проблема увеличения объемов производства консервной продукции должна решаться с учетом рационального использования сырья и других материалов, а также путем снижения потерь на всех стадиях переработки.

Работы по комплексному и рациональному использованию сырья проводятся в двух направлениях. Первое направление — создание технологий, позволяющих максимально сократить или исключить образование отходов (безотходные технологии). Второе направление — организация переработки неизбежно образующихся отходов с получением из них пищевых продуктов или продуктов, используемых для других целей. Некондиционное сырье можно разделить на две группы: сырье, которое по своему внешнему виду, форме, размерам, степени зрелости не подходит для производства данного вида консервов, и сырье, полностью непригодное в пищу. Первую группу сырья, непригодную по внешнему виду или другим признакам для производства компотов, варенья, фаршированных овощей и т.д., можно использовать для получения пюреобразных продуктов (соусы, паста, икра и др.). Дополнительными ресурсами сырья могут быть и овощи некондиционного размера: кабачки диаметром более 70 мм, огурцы диаметром более 50 мм и неправильной формы (кубарики, крючкообразные). Нестандартное сырье количество которого может достигать 15%, дает механизированный одноразовый способ уборки урожая.

Отходы переработки плодов и овощей можно использовать для получения красителей на базе каротиноидов, антоцианов хлорофиллов. Из отходов можно получать ценные по своему химическому составу корма для животных. Из ядер косточек и семян можно получать эфирные масла. Большую ценность представляют отходы переработки плодов, позволяющие получить пектин и клетчатку, которую в последнее время называют пищевыми волокнами или диетической клетчаткой.

Учитывая, что многие продукты переработки плодоовощного сырья содержат ценные химические и биологически активные компоненты и их успешно используют как пищевые добавки.